Nuôi
tôm
mang
lại
giá
trị
kinh
tế
cao.
Sản
lượng
tôm
gia
tăng
đều
đặn
cho
đến
năm
2011,
trước
khi
có
sự
bùng
nổ
của
một
loại
bệnh
mới
được
gọi
là
hội
chứng
chết
sớm
(EMS)
hay
bệnh
hoại
tử
gan
tụy
cấp
tính
(AHPND),
gây
thiệt
hại
nghiêm
trọng
cho
ngành
công
nghiệp.
Tỷ
lệ
chết
bởi
AHPND
lên
đến
100%
và
các
tác
nhân
gây
AHPND
là
một
chủng
vi
khuẩn
Vibrio
parahaemolyticus.
Trình
tự
bộ
gen
của
các
chủng
từ
Thái
Lan
và
Mexico
có
một
đoạn
plasmid
có
thể
chứa
các
gen
độc
lực
giả
định.
Chủng
độc
lực
cao
có
thể
được
xác
định
bằng
phương
pháp
PCR
sử
dụng
cặp
mồi
dựa
trên
các
gen
độc
lực.
Bởi
vì
các
gen
độc
lực
nằm
trên
một
plasmid,
độc
lực
có
thể
được
truyền
không
chỉ
giữa
các
chủng
V.
parahaemolyticus
mà
còn
đối
với
các
loài
vi
khuẩn
khác
nhau.
Ở
Việt
Nam,
chủng
AHPND
gọi
là
KC13.17.5
được
phân
lập
và
xác
định
là
vi
khuẩn
Vibrio
sp..Nhưng
trình
tự
gen
16S
rRNA
cho
thấy
rằng
nó
không
phải
là
V.
parahaemolyticus.
Để
mô
tả
thêm
về
đặc
điểm
của
vi
khuẩn,
bộ
gen
của
vi
khuẩn
được
giải
trình
tự.
DNA
của
vi
khuẩn
được
Sambrook
và
Russell
chuẩn
bị.
Một
bộ
đôi
được
tạo
ra
từ
DNA
dùng
để
sử
dụng
chuẩn
bị
mẫu
Illumina
Nextera
XT
DNA
với
một
bộ
kit.
Mẫu
được
giải
trình
tự
bằng
cách
sử
dụng
Illumina
MiSeq
và
MiSeq
kit
thuốc
thử
phiên
bản
2
(300
chu
kỳ).
Dữ
liệu
trình
tự
đã
được
sắp
xếp
bởi
CLC
Genomics
Workbench
theo
phiên
bản
6.5.1
và
sau
đó
được
phân
tích
trên
máy
chủ
Rast.
BLASTn
tìm
gen
đã
được
sử
dụng
để
tìm
ra
các
trình
tự
tương
đồng
với
gen
độc
lực
giống
như
plasmid
và
được
biết
đến
như
giả
định.
Bộ
gen
của
các
chủng
đã
được
sắp
xếp
thành
42
đoạn
ống.
Máy
chủ
RAST
ghi
chú
và
xác
định
được
5.288
gen.
Đi
sâu
vào
đặc
tính,
láng
giềng
của V.
parahaemolyticus
được
dự
đoán
là
Vibrio
harveyi
ATCC
BAA-1116.
Tìm
kiếm
tương
đồng
bằng
cách
sử
dụng
gen
dự
đoán
cũng
cho
thấy
sự
tương
đồng
cao
với
các
gen
V.
harveyi
và
Vibrio
campbellii so
với
V.
parahaemolyticus.
Chúng
tôi
tìm
thấy
trước
đây
Contig
4
của
TUMSAT_D06_S3
(63
kbp)
đã
được
lưu
giữ
trong
số
3
chủng
AHPND
nhưng
không
được
bảo
toàn
trong
3
chủng
AHPND.
Trình
tự
này
có
thể
là
một
plasmid.
Trong
nghiên
cứu
này,
một
số
các
đoạn
như
đoạn
21
(29
kbp)
và
đoạn
27
(16
kbp),
đã
gần
như
giống
hệt
nhau
đển
Contig
4
TUMSAT_D06_S3.
Các
gen
độc
lực
giả
định
đã
được
xác
định
và
được
sử
dụng
để
chẩn
đoán
AHPND
bằng
PCR.
Bởi
vì
đoạn
25
(3.8
kbp)
giống
với
các
gen
độc
lực,
chúng
tôi
cho
rằng
dòng
này
đã
được
tạo
ra
độc
lực
bằng
cách
mua
lại
các
plasmid.
Tại
đây,
chúng
tôi
nhìn
nhận
AHPND
gây
ra
bởi
nhóm
Vibrio
nhưng
không
phải
là
V.
parahaemolyticus.
Chủng
này
cũng
sở
hữu
những
gen
độc
tố
protein
và
trình
tự
plasmid
có
liên
quan.
Sự
căng
thẳng
nhất
là
với
V.
harveyi,
có
nghĩa
là
các
gen
độc
tố
có
thể
được
truyền
đến
các
loài
Vibrio
khác
nhau.
Nghiên
cứu
sâu
hơn
về
cách
các
gen
được
truyền
giữa
các
loài
là
cần
thiết
để
ngăn
chặn
sự
lây
lan
của
AHPND.
Nghiên
cứu
được
tài
trợ
bởi
Bộ
Nông
nghiệp
và
Phát
triển
nông
thôn
(Bộ
NN
&
PTNT)
Việt
Nam
thuộc
dự
án
"Nghiên
cứu
tác
nhân
gây
AHPND
ở
miền
Bắc
Việt
Nam", Tổ
chức
Heiwa
Nakajima,
Nhật
Bản
và
được
hỗ
trợ
bởi
Cơ
quan
Khoa
học
và
Công
nghệ
Nhật
Bản/Cơ
quan
Hợp
tác
Quốc
tế
Nhật
Bản,
Khoa
học
và
Hợp
tác
nghiên
cứu
công
nghệ
vì
sự
phát
triển
bền
vững
(JST/JICA,
SATREPS).